E' aperta tutte le mattine e vi si celebra la Messa ogni domenica alle 9 da Ottobre a Maggio
Il vescovo Pietro de Lunel (1) visitò l'oratorio di Sant'Agnese, posto di fronte alla chiesa dei Santi Filippo e Giacomo, il primo giorno d'aprile del 1571 e scrisse che esso si sosteneva con le elemosine e che faceva parte dell'amministrazione della chiesa della Madonna delle Grazie (ancora oggi esistente poco oltre Porta Romana). Del rapporto esistente fra l’oratorio di Sant’Agnese e la chiesa della Madonna delle Grazie ci parla Giovanni Eroli nel suo libro Le chiese di Narni e dintorni. Ed anche Edoardo Martinori, nella sua Cronistoria, descrivendo gli Statuti di Narni del 1371, riporta di un monastero di monache detto S. Agnetis; pur se non vi è certezza che si tratti della stessa struttura.
Una delle ipotesi più accreditate consiste nel riconoscere Sant’Agnese come la cappella dell'antico ospedale della città di Narni intitolato a San Giacomo (poi della Santissima Trinità) che fronteggiava, lungo l'attuale via XX Settembre (Flaminia Vecchia), la chiesa quasi omonima dei Santi Filippo e Giacomo (oggi garage privato).
Dell’ antico ospedale di San Giacomo, poi trasferito sul sito di quello odierno presso la Porta Ternana rimangono, lungo via XX Settembre e ai lati della chiesa di Sant'Agnese, alcuni affreschi (ormai quasi illeggibili) con l'immagine della Santissima Trinità e le targhe fittili con incise le lettere HCN (Hospitalis Civitas Narniae), seguite da un numero romano ad indicare i vari ingressi dell’ospedale stesso.
Dal punto di vista architettonico il portale della chiesa di Sant’Agnese si può far risalire al XV secolo mentre l'interno è stato risistemato nel XVIII secolo. La chiesa, a navata unica, prende luce da un grande finestrone posto sopra l’altare maggiore che affaccia sulla retrostante sacrestia. Le pareti laterali ospitano due altari di stucco con ai lati stemmi nobiliari coperti da vernici che ne impediscono la lettura e l’attribuzione. (1)Archivio storico diocesi di Narni, Fondo visite apostoliche, Visita apostolica De Lunel marzo-giugno 1571
Una targa con l'incisioneHospitalis Civitas Narniae
Affrescocon l'immagine della Ss.Trinità ormai illeggibile