"L'Altare e la Confessione furono costruiti tra il 1669 e la fine del 1714 su disegno dell'architetto fra Giuseppe Paglia, religioso domenicano; egli ha voluto realizzare un'opera sullo stile delle basiliche romane, con ricchezza di marmi e finezza di intarsi. L'opera fu decisa in seguito alla ricognizione effettuata nel 1642 delle reliquie di San Giovenale, con decreto del vescovo Giampaolo Bocciarelli, il quale in un primo tempo fece costruire l'altare della cripta. Nel 1659 il vescovo Raimondo Castelli stimolò la comunità alla costruzione e invitò l'architetto Paglia il quale fece il progetto e iniziò i lavori. Questi incontrarono ben presto difficoltà di ordine economico e fu per l'intervento del prelato narnese Monsignor Giuseppe Sacripante (divenuto poi Cardinale nel 1690) che i lavori ripresero alacremente, tanto che nel 1703 erano ormai quasi al termine.
La cripta, settecentesca, è sistemata con un certo fasto e ricchezza di fantasia sotto il presbiterio. Essa testimonia una tardiva e imprevedibile protrazione del gusto romanico. La data del 15 aprile 1642 rimanda al giorno in cui fu scoperta la tomba di San Giovenale, tenuta ben nascosta, come si è detto, dopo il sacrilegio del margravio Adalberto. Davanti all'altare sono state raccolte le spoglie dei Vescovi che erano sepolti in Cattedrale: Picarelli, Avi, Terzago, Meloni, Borghi, Bocciarelli. Nella parte sottostante l'altare maggiore, tra marmi pregiati, si apre una grande vetrata da cui si vede il sarcofago di San Giovenale. L'altare fu fatto costruire dal Vescovo Bocciarelli dopo la ricognizione delle reliquie di San Giovenale.
L'abside, in architettura gotica, è caratterizzata dalle sette Cappelle nelle quali l'architetto ha voluto collegare la singolarità dell'arco ribassato narnese con l'arco gotico. Le Cappelle, coperte dagli stalli del coro, conservano un rilevante patrimonio di affreschi (restaurati tra il 1987 e il 1989): i critici sono quasi tutti concordi nell'affermare che trattasi di pittura con matrice di scuola locale (gli affreschi sono attribuiti al Maestro di Narni del 1409 e alla sua bottega), pittura testimoniata da opere analoghe diffuse nel territorio di Narni e di Terni, risalenti ai primi del '400. Nella seconda cappella dell'abside viene dedicato un ciclo pittorico di quattro episodi al santo provenzale Egidio. Nella cappella è anche raffigurata la Crocifissione; l'Annunciazione;una Maestà con Bambino e 4 santi. Nella terza cappella dell'abside: Madonna con Bambino e San Francesco; Madonna con Bambino e sant'Egidio; Madonna con Bambino fra santi; San Benedetto, San Giovanni Evangelista, San Giacomo; la crocifissione. Nella quarta cappella: Madonna della misericordia; Sant'Antonio abate e San Leonardo. Nella quinta cappella: quattro santi.
Il Coro costituisce un altro elemento importante dell'abside. Il coro (1474), dono del cardinale narnese Berardo Eroli, in parte rappresenta un elemento di disturbo alla grandiosità dell'ambiente ma, nel suo insieme, costituisce un'opera degna di attenzione per la finezza dell'intarsio che si presenta come un merletto delicato. Degni di rilievo sono i pannelli terminali, scolpiti con le figure dell'Angelo Gabriele e della Madonna per rappresentare l'Annunciazione. La loro perfezione li fa attribuire al Vecchietta che in quegli anni scolpì la statua di Sant'Antonio abate, su cui ci soffermeremo più avanti, e il San Bernardino che ora si trova al Bargello di Firenze.
La tela dell'abside rappresenta la gloria di San Giovenale; la tela è attribuita a Girolamo Troppa, pittore nato a Rocchette in Sabina nel 1636. da altri critici la tela è attribuita al Trevisani o alla sua scuola.
Scendendo dal presbiterio, sulla destra si passa alla Cappella di San Giuseppe edificata nel 1757 dal canonico Risi per la sua famiglia e particolarmente per la sepoltura del fratello Antonio, abate a Città di Castello. La Cappella costituisce un bell'esemplare di barocco. Tutto il complesso è in legno finemente scolpito e decorato con sculture rappresentanti le virtù . La tela dell'altare rappresenta il transito di San Giuseppe; l'ovale di destra illustra la nascita di San Giovanni Battista e quello di sinistra la Santa Famiglia; l'autore di queste opere è il pittore palermitano Giuseppe Sortini (1760)."