Prima di continuare lungo la navata destra si consiglia si posizionarsi al centro della navata principale per ammirare il presbiterio e l'abside retrostante.
Il presbiterio della cattedrale di Narni si compone di due spazi situati a due quote differenti: quello più basso, situato presso la navata, è incorniciato da un arco a tutto sesto che lo separa da questa ed è caratterizzato dalla presenza di due amboni; quello più alto, raggiungibile tramite due scalinate, ospita nel centro l'altare maggiore e alle sue spalle si apre la tribuna absidale. L'aspetto di questo spazio della cattedrale è definito dai lavori eseguiti nel XVII-XVIII secolo per adattare la cripta e l'abside alla custodia delle reliquie di San Giovenale. Gli architetti che si occuparono di queste modifiche (Studi recenti portano a conoscenza l'opera in successione di cinque architetti romani - Vincenzo Zaccarelli, Domenico Legendre, Giuseppe Paglia, Matthia De' Rossi e Nicola Michetti - impegnati a Narni tra il 1642 e il 1711 nell'erezione dell'altare maggiore, della Confessione e della nuova cappella del Corpo Santo nella cripta. Francesco Luisi, Barocco, d'incanto, Ed. Torre D'Orfeo, Roma 2021) riproposero il modello in voga a Roma e in particolar modo nelle basiliche papali (San Pietro in Vaticano, San Paolo fuori le mura, San Giovanni in Laterano...) caratterizzato da un ciborio sovrastante l'altare maggiore e una "confessione" davanti ad esso. Con questo termine si intende uno spazio a una quota inferiore, spesso di forma semicircolare, accessibile con delle scale e circondato da una balaustra, che permette di accedere alle reliquie poste sotto l'altare e, nel caso specifico della cattedrale, alla cappellina contenente la sepoltura di San Giovenale (vai a: Cripta e cappella del Corpo Santo).
Gli eleganti amboni, realizzati nell'ultimo decennio del Quattrocento con materiale di recupero, sono attribuiti a maestranze toscane o lombarde. Si appoggiano ai possenti pilastri che segnano la fine della navata e pur avendo una geometria simmetrica presentano differenze nella decorazione. In ciascuno dei due pulpiti un parapetto di tre lastre romboidali con decorazioni a bassorilievo dorate che propongono motivi vegetali, cornucopie e armi, nascondono le brevi rampe di scale che consentono di raggiungere la quota superiore. Una colonna per ciascun lato sostiene una "coppa" di 5 lati decorata con busti di angelo scolpiti su cui poggiano dei pannelli su cui sono raffigurati alcuni santi. Nell'ambone in cornu Evangelii (quello di sinistra, da cui veniva proclamato il Vangelo) sono raffigurati la Madonna con il Bambino (al centro), San Cassio (a sinistra, verso la navata) e San Giovenale (a destra, verso l'abside); Nell'ambone in cornu Epistolae (quello di destra, da cui venivano proclamate le letture) sono raffigurati San Giovanni Battista (al centro), San Pietro (a sinistra, verso l'altare) e San Paolo (a destra, verso la navata). Al di sotto degli amboni, utilizzati nelle celebrazioni più solenni, sono situati il leggìo e la sede per la celebrazione quotidiana della Santa Messa.
L'altare maggiore, in marmi policromi, è del tipo chiamato "a cassa". La decorazione sembra imitare l'epigrafe di San Cassio situata sul fronte del sacello con una croce in posizione centrale, arricchita da una corona e dalle palme del martirio, affiancata da due agnelli con stendardo, simbolo del Cristo Risorto ma anche stemma del Capitolo dei Canonici della Cattedrale. Al di sopra di esso si innalza il ciborio a baldacchino, modellato sull'esempio dell'opera di Bernini in Vaticano, seppur con notevoli differenze che lo caratterizzano. La struttura infatti è caratterizzata da quattro colonne in marmo rosa con capitelli compositi in marmo bianco che sorreggono dei dadi con delle cornici molto sporgenti. Al di sopra una copertura lignea che all'intradosso reca la raffigurazione di una colomba, simbolo dello Spirito Santo, sulle frange che riproducono il tessuto lo stemma del cardinale Giuseppe Sacripante (di cui si avrà modo di parlare a proposito della Cappella della Beata Lucia) alternato a dei cherubini. Al di sopra un'iscrizione che riproduce il nome del titolare della chiesa S . I V V E N A L I S. Il ciborio è coronato da quattro volute a dorso di delfino che partendo dai vertici convergono verso il centro dove sostengono un secondo livello di volute su cui si eleva il globo crucigero, simbolo del dominio di Cristo sull'Universo. Nello spazio tra le volute sono presenti delle coppie di angeli che sorreggono i simboli dell'episcopato (mitria e pastorale) e del martirio (palme).
