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​L'organo era uno dei pochi esemplari costruiti dall'artigiano Martinelli di Perugia; costruito nel 1844 con tecnica particolare, possedeva canne in lega pregiata, di cui quelle della mostra di notevole grandezza, era stato costruito su ordinazione dei Canonici della Cattedrale di Narni e trasferito successivamente nella chiesa di san Francesco nel 1956, in occasione dei restauri della cattedrale. 

​Nella vetrata si potevano distinguere san Giovenale con mitria e pastorale e la piazza dei Priori con la fontana in primo piano. 

Nel 1998 un incendio doloso distrusse l'organo e la vetrata.

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​La vetrata attuale, i cui autori sono G. Schiaffo e P. Penso,  risale al 1999 e rappresenta San Francesco tra la beata Lucia e san Giovenale.